La operatividad de la cadena del cacao funciona a través de un comité nacional y tres comités regionales, estos últimos conformados en regiones con mayor concentración de actores, principalmente el eslabón de producción primaria, estas son: Noroccidental, litoral atlántico y Olancho.

Estas  reuniones se hacen a nivel regional para discutir temas de producción, volumen de ventas en el mercado que luego son traídos al Comité Nacional como un acuerdo más en el que también  las organizaciones de apoyo presentan los nuevos proyectos que tienen para el rubro del cacao.